1、難以籌集大量資金。因為一個人的資金終歸有限，以個人名義借貸款難度也較大。因此，獨資企業(yè)限制了企業(yè)的擴展和大規(guī)模經(jīng)營。

2、投資者風險巨大。企業(yè)業(yè)主對企業(yè)負無限責任，在硬化了企業(yè)預(yù)算約束的同時，也帶來了業(yè)主承擔風險過大的問題，從而限制了業(yè)主向風險較大的部門或領(lǐng)域進行投資的活動。這對新興產(chǎn)業(yè)的形成和發(fā)展極為不利。

3、企業(yè)連續(xù)性差。企業(yè)所有權(quán)和經(jīng)營權(quán)高度統(tǒng)一的產(chǎn)權(quán)結(jié)構(gòu)，雖然使企業(yè)擁有充分的自主權(quán)，但這也意味著企業(yè)是自然人的企業(yè)，業(yè)主的病、死，他個人及家屬知識和能力的缺乏，都可能導(dǎo)致企業(yè)破產(chǎn)。

4、企業(yè)內(nèi)部的基本關(guān)系是雇傭勞動關(guān)系，勞資雙方利益目標的差異，構(gòu)成企業(yè)內(nèi)部組織效率的潛在危險。

1、個人獨資企業(yè)必須要有固定的生產(chǎn)經(jīng)營場所和合法的企業(yè)名稱，而個體工商戶可以不起字號名稱，也可以沒有固定的生產(chǎn)經(jīng)營場所而流動經(jīng)營。換句話說，合法的企業(yè)名稱和固定的生產(chǎn)經(jīng)營場所是個人獨資企業(yè)的成立要件，但不是個體工商戶的成立要件。

 

2、個體工商戶的投資者與經(jīng)營者是同一人，都必須是投資設(shè)立個體工商戶的自然人。而個人獨資企業(yè)的投資者與經(jīng)營者可以是不同的人，投資人可以委托或聘用他人管理個人獨資企業(yè)事務(wù)。也就是說，個人獨資企業(yè)的所有權(quán)與經(jīng)營權(quán)是可以分離的，這就決定了個人獨資企業(yè)更符合現(xiàn)代企業(yè)制度的特征。而個體工商戶的所有權(quán)與經(jīng)營權(quán)是集于投資者一身的，已不能適應(yīng)于現(xiàn)代企業(yè)制度發(fā)展的要求，所以它只能適用于小規(guī)模的經(jīng)營主體。

 

3、個人獨資企業(yè)可以設(shè)立分支機構(gòu)，也可以委派他人作為個人獨資企業(yè)分支機構(gòu)負責人。這一規(guī)定，說明了個人獨資企業(yè)不但可以在登記管理機關(guān)轄區(qū)內(nèi)設(shè)立分支機構(gòu)，也可以在異地設(shè)立分支機構(gòu)，由設(shè)立該分支機構(gòu)的個人獨資企業(yè)承擔責任。而個體工商戶根據(jù)規(guī)定不能設(shè)立分支機構(gòu)。另一方面?zhèn)€體工商戶雖然可以異地經(jīng)營，但隨著各地近幾年相繼簡化了外來人員的登記手續(xù)，從而使個體工商戶的異地經(jīng)營這一規(guī)定逐漸淡化。由此可以看出，個人獨資企業(yè)的總體規(guī)模一般大于個體工商戶。

 

4、個人獨資企業(yè)與個體工商戶的法律地位不盡相同。在民事、行政、經(jīng)濟法律制度中個人獨資企業(yè)是其他組織或其它經(jīng)濟組織的一種形式，能以企業(yè)自身的名義進行法律活動。而個體工商戶是否能夠作為其它組織或其它經(jīng)濟組織的一種形式，一直是國內(nèi)民法學家的爭論對象。在日常法律活動中，個體工商戶的法律行為能力往往受到一定的限制，更多的時候，個體工商戶是以公民個人名義進行法律活動的。事實上，國內(nèi)就有許多法律專家提出個體工商戶不是法律意義上的企業(yè)。另外，個人獨資企業(yè)與個體工商戶作為市場主體參與市場經(jīng)濟其他活動的能力不同，如個人獨資企業(yè)可以成為公司的股東，從而以企業(yè)名義享有公司股東的權(quán)利和義務(wù)，而個體工商戶一般不能以企業(yè)名義作為公司股東，只能以個人投資者(自然人)身份成為公司股東。

 

5、個人獨資企業(yè)與個體工商戶在財務(wù)制度和稅收政策上的要求也不盡相同。事實上，這也是投資者較關(guān)心的問題。根據(jù)《個人獨資企業(yè)法》的規(guī)定,個人獨資企業(yè)必須建立財務(wù)制度，以進行會計核算。值得一提的是，個人獨資企業(yè)的財務(wù)制度是個人獨資企業(yè)的必備條件，不以任何部門的要求而改變。而個體工商戶由于情況復(fù)雜，是否要建立會計制度爭論較多，在即將實施的新《會計法》中也只作了原則規(guī)定。按照執(zhí)法情況看，個體工商戶可以按照稅務(wù)機關(guān)的要求建立賬簿，如稅務(wù)部門不作要求的，也可以不進行會計核算。另外，在稅收政策方面，由于我國的稅收法律制度是一個相對獨立的體系，它與市場主體法律制度之間沒有統(tǒng)一的聯(lián)系。稅務(wù)部門認定一般納稅人和小規(guī)模納稅人的標準并不是以企業(yè)的市場主體地位不同而劃分的。一般來說，個體工商戶較難認定為一般納稅人，而個人獨資企業(yè)如符合條件則可以認定為一般納稅人。如何把市場主體立法與稅收立法有機地結(jié)合起來，是今后完善社會主義市場經(jīng)濟法律制度值得探討的問題。

 

企業(yè)所得稅    個人所得稅（分紅）   合計稅金
有限公司    1000x25%=250  750x20%=150          400
設(shè)立個人獨資企業(yè)抵相應(yīng)的企業(yè)成本：1000萬利潤成本，服務(wù)費、咨詢費、勞務(wù)外包服務(wù)費等現(xiàn)代服務(wù)業(yè)作為個人經(jīng)營勞動所得
增值稅                  個人所得稅          合計稅金
1000x6%=60萬（可抵扣）  1000x3.5%=35萬         95萬
（實際只繳納了35萬）
在同樣完成稅收清繳情況下兩者相比，相差305萬元，除去增值稅抵扣的話相差365萬。
 
 
2、如何通過個人獨資企業(yè)轉(zhuǎn)移企業(yè)利潤

A生產(chǎn)型公司（外省市企業(yè)）、B公司（注冊在山陽園區(qū)）C客戶企業(yè)
原流程：
進項發(fā)票3000萬——》A公司8000萬——》C客戶
所繳納稅額：增值稅：（8000-3000）*13%=650萬
             企業(yè)所得稅：5000*30%（企業(yè)利潤）*25%=375萬
             個人所得稅（分紅）1125*20%=225萬
             合計稅收:1250萬
通過個人獨資轉(zhuǎn)移企業(yè)利潤后：
進項發(fā)票3000萬——》個人獨資企業(yè)8000萬——》A公司8100——》C客戶
個人獨資所繳納稅額：增值稅：（8000-3000）*13%=650萬
                    個人所得稅（核定征收）8000*1.75%=140萬
A公司繳納：增值稅： （8100-8000）*13%=13萬
           企業(yè)所得稅：100*30%（企業(yè)利潤）*25%=7.5萬
個人所得稅（分紅）92.5*20%=18.5萬
合計金額：個人獨資企業(yè)790+A公司39=829.
兩者比較：1250-829=421萬
 
 
3、通過個人獨資轉(zhuǎn)移企業(yè)利潤后：

進項發(fā)票3000萬——》個人獨資企業(yè)8000萬——》B公司8050萬——》A公司8100——》C客戶
 
個人獨資所繳納稅額：增值稅：（8000-3000）*13%=650萬
                    個人所得稅（核定征收）8000*1.75%=140萬
B公司繳納：增值稅：（8050-8000）*13%=6.5萬
           企業(yè)所得稅：50*30%（企業(yè)利潤）*25%=3.75萬
           個人所得稅（分紅）：13.75*20%=2.75
A公司繳納：增值稅： （8100-8050）*13%=6.5萬
           企業(yè)所得稅：50*30%（企業(yè)利潤）*25%=3.75萬
個人所得稅（分紅）13.75*20%=2.75萬
合計：個人獨資790+B公司13+A公司13=816萬。兩者比較：1250-816=434萬